Questão:
Ferramentas para simular leituras Oxford Nanopore
Daniel Standage
2017-05-22 23:19:53 UTC
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Há ferramentas de software de código aberto disponíveis para simular leituras do Oxford Nanopore?

Para que você está planejando simular dados? Em minha opinião, dada a riqueza de conjuntos de dados reais disponíveis publicamente, há pouca necessidade de simulação, exceto em casos de uso muito específicos.
Geralmente é útil simular uma variante ou algum outro tipo de artefato genômico para avaliar se uma ferramenta ou conjunto de ferramentas pode identificar corretamente o artefato. Isso é muito mais fácil de fazer em dados simulados em que você sabe a resposta exata e é extremamente valioso, mesmo que os dados simulados não sejam um reflexo perfeito dos dados reais.
Quatro respostas:
#1
+8
Leo Martins
2017-05-23 01:43:59 UTC
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Por acaso, hoje mesmo ouvi falar de um simulador de leitura nanopore, NanoSim. É lançado sob uma licença GPL. Mas nunca usei ...

#2
+8
Karel Brinda
2017-05-30 00:09:22 UTC
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Simuladores projetados especificamente para Oxford Nanopore:

Simuladores gerais de leitura longa:

Para uma lista exaustiva de simuladores de leitura existentes, consulte a página 15 da minha tese, Novas técnicas computacionais para mapear e classificar dados de sequenciamento de última geração .

#3
+6
burger
2017-05-23 04:05:06 UTC
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Além do NanoSim já mencionado, também existe o SiLiCO e o ReadSim (embora não seja atualizado há mais de 2 anos , portanto, não tenho certeza de quão relevante é neste ponto, considerando o quão rápido a tecnologia está progredindo).

#4
+2
gringer
2017-05-24 08:36:04 UTC
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Os melhores simuladores de leitura nanopore seriam associados aos melhores chamadores de base. Para um base caller modelar efetivamente a fita de DNA, ele precisa levar em consideração o modelo elétrico subjacente esperado junto com o ruído do sinal associado (tanto na dimensão de tempo quanto na dimensão de amplitude). Em teoria, deveria ser possível reverter o algoritmo e gerar um sinal elétrico dada uma sequência subjacente.

Infelizmente, não conheço nenhuma ferramenta que tente simular leituras de nanopore no nível elétrico. Qualquer "simulador de leitura nanopore" que se concentre apenas na sequência de base precisaria abranger todos os modelos de software de chamada de base possíveis que existem, o que é uma tarefa impossível (principalmente dada a rapidez com que o ONT atualiza seus próprios chamadores de base).



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