Questão:
URLs de download estáveis
Manuel
2017-06-01 04:40:03 UTC
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Um grande problema que enfrento regularmente é que os URLs para baixar dados de bioinformática (por exemplo, lançamentos RefSeq ou lançamentos do genoma NCBI) desaparecem.

Alguém tem alguma boa solução para isso?

Você tem exemplos de URLs específicos que pararam de funcionar? Alguns projetos tentam muito fornecer links permanentes.
As versões do genoma são versionadas, então a URL pode ser movida, mas os dados ainda estão lá.
Você poderia especificar em qual plataforma ou tipo de dados está procurando um URL estável? Muitos sites fornecem um servidor ftp para grandes downloads
Acho que esta é uma boa pergunta, talvez com pequenas modificações: URIs para grandes bancos de dados raramente desaparecem, mas os identificadores estáveis ​​nem sempre são obviamente marcados (por exemplo, o Ensembl tem como padrão a versão "atual" em vez de um URI estável).
A questão deve ser temperada com alguns exemplos, mas levanta um ponto muito bom.
Eu estava me referindo a coisas do NCBI, por exemplo, dbSNP em que a versão mais recente do GRCh37 desapareceu e precisa ser interpolada de uma tabela UCSC.
Um responda:
#1
+4
Matt Bashton
2017-06-03 18:36:29 UTC
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O Persistent uniform resource locator ou PURL é uma dessas soluções, eles são projetados para ser um pouco mais robustos do que permalinks, na medida em que deveriam sobreviver à mudança do nome de domínio. A comunidade de bio ontologia já os usa http://purl.bioontology.org/docs/index.html



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