Questão:
Existe algum conjunto de dados multi-omics publicamente disponível?
rraadd88
2017-05-30 17:29:00 UTC
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Estou procurando um conjunto de dados multi-omics que pode incluir genômica, transcriptômica e proteômica (por exemplo, snyderome). Preciso desse conjunto de dados para um propósito introdutório de exploração de dados. Portanto, pode ser de qualquer organismo hospedeiro e quaisquer métodos / condições experimentais.

Existe algum banco de dados / repositório onde eu possa encontrá-lo?

Você realmente precisa de todos os 3 ou qualquer um deles funcionará? Para "genômica", você quer marcas de histonas (ou metilação) ou apenas DNAseq (por exemplo, para chamada de variantes)?
a genômica (DNAseq) seria essencial. descansar quaisquer camadas (pelo menos duas) funcionaria.
Por favor, [edite] sua pergunta e esclareça o que você precisa. Tudo precisa ser da mesma célula ou indivíduo? Você está procurando o conjunto de proteínas expressas, RNA transcrito e a sequência do genoma associada? Ou talvez aqueles de uma condição específica? O que é genômica paralela?
Queria fazer uma sugestão para reformular a pergunta, mas aparentemente fiz a edição. Se não disser agora o que você queria, fique à vontade para alterá-lo de volta ...
Trzy respostas:
#1
+10
rraadd88
2017-05-30 17:53:40 UTC
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Existe um banco de dados chamado OmicsDI, onde se pode pesquisar conjuntos de dados multi-omics.

Aqui está um link da publicação associada (Perez -Riverol, Yasset, et al. "Omics Discovery Index-Discovering and Linking Public Omics Datasets." BioRxiv (2016): 049205.) para obter mais detalhes.

#2
+3
user2368936
2017-06-04 04:06:43 UTC
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Existem vários conjuntos de dados disponíveis no GEO, mas você deve procurá-los. Por exemplo, aqui estão três conjuntos de dados que têm metilação Illumina e perfil de microarray de expressão gênica:

#3
+2
Johannes Griss
2017-06-03 16:31:04 UTC
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Junto ao OmicsDI, o EBI tem um repositório especial para conjuntos de dados multi-omics: https://www.ebi.ac.uk/biosamples

Ele vincula os diferentes conjuntos de dados entre repositórios, ou seja. PRIDE para dados baseados em MS / MS e ArrayExpress para dados RNASeq.



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