Questão:
Qual é a diferença entre os tipos de células ENCODE Tier 1, 2 e 3?
juniper-
2017-05-25 23:21:50 UTC
view on stackexchange narkive permalink

A ENCODE Experiment Matrix no UCSC lista os diferentes tipos de células disponíveis nas categorias "Tier 1", "Tier 2" e "Tier 3". Qual é a diferença entre essas classificações?

O que, por exemplo, torna GM12878 um tipo de célula Tier 1 e A549 um tipo de célula Tier 2?

enter image description here

Você deve ler [Um Guia do Usuário para a Enciclopédia de Elementos de DNA (ENCODE)] (http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1001046)
Dois respostas:
#1
+6
Devon Ryan
2017-05-25 23:44:04 UTC
view on stackexchange narkive permalink

As camadas denotam a prioridade original de sequenciamento e processamento das amostras. Isso é compreensível, dado o número de marcas e tipos de experimentos que ENCODE tentou sequenciar. Mais detalhes estão disponíveis no site da ENCODE.

Editar : apenas para expandir um pouco, as células da camada um deveriam ser processadas primeiro. Em seguida, o nível 2 ficou em segundo lugar. É claro que a camada 2 tinha MUITO mais células, então ela foi dividida em 2 e 2,5, uma vez que já havia células aparentemente da camada 3.

#2
+1
emilliman5
2017-05-27 01:27:47 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Do site da Encode:

... Para ajudar na integração e comparação de dados produzidos usando diferentes tecnologias e plataformas, o Consórcio ENCODE designou tipos de células que será usado por todos os investigadores. Esses tipos de células comuns incluem linhas celulares e tipos de células primárias, e planos estão sendo feitos para explorar o uso de tecidos primários e células-tronco embrionárias (ES).

Os tipos de células foram selecionados em grande parte por razões práticas, incluindo sua ampla disponibilidade, a capacidade de cultivá-los facilmente e sua capacidade de produzir um número suficiente de células para uso em todas as tecnologias utilizadas pelos investigadores ENCODE. As considerações secundárias foram a diversidade na fonte de tecido das células, a representação da linhagem da camada germinativa, a disponibilidade de dados existentes gerados usando o tipo de célula e a coordenação com outros projetos em andamento. Também foi feito esforço para selecionar pelo menos alguns tipos de células que têm um cariótipo relativamente normal ...



Estas perguntas e respostas foram traduzidas automaticamente do idioma inglês.O conteúdo original está disponível em stackexchange, que agradecemos pela licença cc by-sa 3.0 sob a qual é distribuído.
Loading...