Vários métodos de enriquecimento de conjuntos de genes estão disponíveis, o mais famoso / popular é a ferramenta Broad Institute. Muitas outras ferramentas estão disponíveis (ver por exemplo o biocView de GSE que lista 82 pacotes diferentes). Existem vários parâmetros em consideração:
- a estatística usada para ordenar os genes,
- se for competitiva ou independente,
- se for supervisionado ou não,
- e como a pontuação de enriquecimento é calculada.
Estou usando o pacote fgsea - Fast Gene Set Enrichment Analysis para calcule as pontuações de enriquecimento e alguém me disse que os números são diferentes dos do Broad Institute, apesar de todos os outros parâmetros serem equivalentes.
Esses dois métodos (fgsea e Broad Institute GSEA) são equivalentes para calcular o pontuação de enriquecimento?
Eu olhei para os algoritmos de ambos os artigos, e eles parecem bastante semelhantes, mas não sei se em conjuntos de dados reais eles são equivalentes ou não.
Existe algum artigo revisando e comparando como o método de pontuação de enriquecimento afeta o resultado?