Questão:
Phyre2 vs ITasser, modelos completamente diferentes gerados
Te-Yo
2017-05-19 23:59:49 UTC
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Alguém tem experiência em gerar estruturas de PDB com as ferramentas online Phyre e ITasser? Os resultados gerados a partir de cada um dado a mesma entrada de sequência de aminoácidos são muito diferentes e eu me pergunto se esta é ou não uma experiência comum. Eu sei que ITasser foi o número 1 classificado nas trilhas CASP, mas os resultados deveriam ser tão díspares?

Você deve sempre passar seus modelos por um programa de avaliação de qualidade de modelo para avaliar a confiabilidade e selecionar o melhor.
Dois respostas:
#1
+5
Rosalind Was Robbed
2017-05-20 09:11:29 UTC
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Estou menos familiarizado com Phyre, mas o I-TASSER é um sistema realmente sofisticado que pega os resultados de uma pesquisa usando vários threaders e os conecta a uma simulação ab initio que tenta minimizar a energia dos modelos amostrando muitos possíveis conformações 3D, o que eu não acho que Phyre faça.

https://en.wikipedia.org/wiki/I-TASSER#/media/File:I-TASSER-pipeline. jpg

Compare com um esquema de fluxo de trabalho semelhante para Phyre:

http://www.nature.com/nprot/journal/v10/n6/images /nprot.2015.053-F1.jpg http://www.nature.com/nprot/journal/v10/n6/fig_tab/nprot.2015.053_F2.html

A previsão da estrutura ainda tem um longo caminho a percorrer, e você sempre obterá melhores resultados se houver homólogos próximos disponíveis no PDB, mas dado o alto desempenho consistente do I-TASSER no CASP, eu trataria esses resultados como mais significativos . Dito isso, não custa nada considerar várias respostas.

Editar: link do blmoore incluído para a segunda metade do esquema do protocolo Phyre

Você está apenas vinculando à primeira metade do fluxo de trabalho phyre2: http://www.nature.com/nprot/journal/v10/n6/fig_tab/nprot.2015.053_F2.html
#2
+1
Joe Healey
2019-04-04 13:13:28 UTC
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Essa pode não ser a resposta completa para a pergunta, mas uma diferença fundamental entre Phyre e ITasser (acho que estou correto em dizer), é que Phyre retorna apenas regiões do modelo que considera ser suficientemente bem modelado, portanto, pode não ser um modelo de corpo inteiro. O ITasser, por outro lado, sempre gera modelos em tamanho real.

Como uma das outras respostas alude, é muito dependente da proteína de seu interesse. Se não estiver bem representado nos bancos de dados, os estágios iniciais de segmentação não produzirão bons modelos e todas as etapas subsequentes serão prejudicadas.



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