Questão:
Quais são as vantagens e desvantagens entre o uso de KEGG ou Reactome?
llrs
2017-05-24 12:35:31 UTC
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Como análise de enriquecimento, uma etapa usual é inferir as vias enriquecidas em uma lista de genes. No entanto, não consigo encontrar uma discussão sobre qual banco de dados é melhor. Dois dos mais populares (em meu ambiente específico) são Reactome e KEGG (talvez porque existam ferramentas que os usam no Bioconductor). agora estou inclinado para Reactome

Qual é o que tem mais genes associados a caminhos? Qual é mais completamente anotado? Existe algum papel comparando-os?

Você pode reformular isso como "quais são as vantagens e desvantagens" em vez de "qual é o melhor"? SE não gosta do último para o formato de controle de qualidade, mas acho que o primeiro é bom.
Feito @MichaelSchubert, você pode mudar isso sozinho. Mas acho que ambos estão bem se o melhor não for postado em geral (melhor para X e Y) YMMV
Esta postagem do BioStars pode ser útil, embora tenha vários anos https://www.biostars.org/p/3432/
Obrigado, @Chris, mas essa pergunta tem 6,5 anos e as coisas mudaram desde então (incluindo a taxa de acesso ftp ao KEGG).
@Llopis sim, eu editei nesse detalhe antes de você responder. Não estou dizendo que isso torna sua pergunta redundante, apenas apontando para um link possivelmente útil
Você deve dar uma olhada em http://www.pathwaycommons.org/ para baixar os dados do caminho. Talvez você possa escolher os dois (ou mais), em vez de apenas escolher um.
@woemier Sim, na verdade estou usando Reactome e Kegg, mas o problema é comparar se os caminhos de um banco de dados e do outro são equivalentes, independentemente do nome
Trzy respostas:
Kamil S Jaron
2017-05-25 03:59:55 UTC
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Uma grande desvantagem do KEGG é a questão do licenciamento. Uma grande vantagem do Reacome são as várias ligações cruzadas com outros bancos de dados e dados.

ad 1, Isso depende de qual caminho, ambos são bancos de dados primários. Às vezes, outros bancos de dados que combinam dados de bancos de dados primários têm melhor anotação de caminhos (há um exemplo no artigo de revisão abaixo)

ad 3, Há muito extenso relativamente novo (2015) revisão sobre este tópico com foco em vias humanas: Comparação de bancos de dados de vias de sinalização de células humanas - evolução, desvantagens e desafios. Porém não consegui encontrar lá qual é mais completo ...

agapow
2017-05-26 14:41:04 UTC
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Para você, o ponto principal seria se uma análise de enriquecimento vai lhe dar uma resposta informativa . Isso é o que tornará um determinado banco de dados melhor. E há todos os tipos de decisões subjetivas feitas em sua construção sobre o que é um caminho, o que incluir, onde traçar limites, etc. portanto, bancos de dados diferentes darão respostas diferentes e não ficará claro qual é a mais correta.

Portanto, navegue pelas referências / sugestões que as pessoas forneceram, selecione um serviço e use-o e nenhum outro. Não pule os bancos de dados até obter uma resposta que goste, isso é apenas pescar.

+1 para a última frase, é tão fácil dizer que verificarei com X assim que um tiver um "bom" resultado e se ambos concordarem, prossiga.
Johannes Griss
2017-06-01 12:05:30 UTC
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Uma grande vantagem do Reactome, na minha opinião, é a sua visualização através da interface web.

Muitas vias (em Reactome e KEGG) consistem em genes / proteínas que são regulados para cima e para baixo através da respectiva via. Se você fizer uma análise de super-representação simples, isso não será levado em consideração. Portanto, você pode acabar vendo uma via como "superexpressada", embora apenas os genes regulados para baixo tenham sido observados com mais frequência.

No Reactome, você pode ampliar as diferentes vias de maneira muito conveniente e, em seguida, selecioná-las inconsistências. Eu realmente não encontrei um banco de dados público e uma ferramenta que possa levar esses diferentes regulamentos em consideração. Portanto, você provavelmente sempre precisará de alguma investigação manual de seus dados. Na minha opinião, isso é mais fácil com Reactome do que com KEGG.



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