Eu tenho um arquivo de sequência de proteínas alinhadas que tenho usado para reconstruir uma árvore parcimoniosa. No momento, estou usando o método NNITreeSearcher._get_neighbors do Biopython 1.72, mas é uma maneira de encontrar apenas uma árvore com melhor pontuação.

  def _nni (self, started_tree, direction): "" "Procure a melhor parcimônia árvore usando o algoritmo NNI (PRIVATE). "" "best_tree = Starting_tree enquanto True: best_score = self.scorer.get_score (best_tree, alinhamento) temp = best_score for t em self._get_neighbors (best_tree): score = self.scorer.get_score (t, alinhamento) if score < best_score: best_score = score best_tree = t # stop se não houver pontuação menor se best_score > = temp: break return best_tree  

Eu preciso gerar todos os NNI- vizinhos das árvores (duas árvores são vizinhas do NNI se uma puder ser transformada em outra por uma operação de intercâmbio de vizinho mais próximo).

1. Eu quero saber como posso obter o número total de árvores geradas antes a melhor árvore é alcançado.
2. É possível retornar todas as árvores geradas antes que a melhor árvore seja alcançada, de modo que o número total / necessário de árvores (exceto a melhor árvore) possa ser impresso?