Questão:
Livros sobre algoritmos de bioinformática
Ólavur
2018-03-27 17:48:10 UTC
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Estou procurando um livro sobre algoritmos de bioinformática, como alinhamento, pesquisa BLAST e chamada de variante.

Espero que a leitura sobre esse assunto me dê uma compreensão mais profunda dos fundamentos de bioinformática, e também estou interessado em desenvolver minhas próprias ferramentas e algoritmos para análise de sequência e variante. Estudei matemática aplicada e ciência da computação na universidade, então não evito livros pesados ​​de matemática.

Listei alguns candidatos abaixo.

Durbin et al. é bastante antigo, Sung é o mais novo.

Estou procurando livros com:

  • material (algoritmos) sobre alinhamento, montagem e chamada de variantes, se possível.
  • Novos livros são preferidos
"Análise de sequência biológica" é excelente, você diz que é antigo, mas foi reimpresso várias vezes com edições e ainda é muito relevante. Minha edição é a 10 reimpressão de 2010, pode ser ainda mais recente
"Evolução Molecular Computacional" de Ziheng Yang também é bom, eu me lembro
@Llopis é comum em biology.stackexchange.com pedir recomendações de livros. Eu fiz a mesma pergunta lá e foi recomendado que eu fizesse aqui. Pelo que vale a pena, acho que a pergunta é mais adequada aqui, pois é mais provável que alcance pessoas relevantes aqui.
O solicitante está procurando livros que atendam a vários critérios baseados em fatos - cobrem os tópicos A, B, C, etc. Uma recomendação de livro objetivamente atende ou não atende a esses critérios. Se não atender aos critérios, isso é um problema com a resposta, não com a pergunta. É difícil ver o que é aberto ou baseado em opiniões sobre o cumprimento de critérios claramente definidos. Votando para reabrir.
Concordo totalmente com Alex, votou para reabrir.
Trzy respostas:
Alex Reynolds
2018-03-27 21:33:15 UTC
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Aqui estão alguns livros que eu recomendo:

O Algorithms on Strings, Trees, and Sequences de Dan Gusfield é um tratamento amplo e profundo de alinhamento, pesquisa e processamento strings, árvores e sequências.

Os métodos estatísticos em bioinformática de Warren Ewens dedicam um capítulo ao BLAST e à matemática subjacente.

Editar - Outro livro que pode ser útil para alguns fundamentos matemáticos seria Introdução à Biologia Computacional de Michael S. Waterman.

Concordo que os livros de algoritmo, como os de Gusfield, são extremamente importantes. Mas, pessoalmente, já cuidei disso decentemente.
O livro Waterman parece bastante interessante, tem algum material que não vi em outros livros.
Geraldine_VdAuwera
2020-04-23 01:10:31 UTC
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Se você estiver interessado na chamada de variantes, acabei de ser coautor de um livro da O'Reilly chamado Genomics in the Cloud que cobre as práticas recomendadas do GATK de um ponto de vista científico (linha germinativa e variantes somáticas curtas + alterações de número de cópias somáticas), bem como considerações técnicas como como executá-lo de forma eficiente em escala (é aí que entra a parte da nuvem).

Você pode ler mais sobre isso no blog do GATK; há um anúncio e uma segunda postagem de blog mais pessoal que escrevi para explicar como abordei o assunto. Fico feliz em discutir mais se você estiver interessado.

Ah, e você pode ver os primeiros capítulos gratuitamente na Amazon se quiser.

Imer Muhović
2018-04-03 16:05:40 UTC
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Bioinformática e genômica funcional de Jonathan Pevsner é uma boa, ele aborda a biologia e também como funcionam os algoritmos e fornece exemplos do mundo real.

Este é muito bom, um colega meu tem. Não parece entrar em muitos detalhes com a matemática e algoritmos embora (o que não é um obstáculo ou nada), provavelmente porque é voltado principalmente para estudantes de biologia. Acho que tem uma maneira muito boa de vincular os algoritmos ao contexto biológico. Talvez este livro seja uma boa introdução e, para obter mais detalhes matemáticos, pode-se ler artigos sobre BLAST, alinhadores como BWA e assim por diante.


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