Questão:
Saída de salmão: transcrições quantificadas com suporte de leitura zero
aechchiki
2018-03-12 18:51:54 UTC
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Quantifiquei algumas amostras usando salmão. De acordo com a documentação do formato de saída, a última coluna do 'Arquivo de quantificação' representa o número de leituras que suportaram a transcrição dada, a saber:

NumReads - Este é a estimativa de salmão do número de leituras mapeadas para cada transcrição que foi quantificada. É uma “estimativa” na medida em que é o número esperado de leituras que se originaram de cada transcrição, dada a estrutura das leituras de mapeamento e multimapagamento exclusivas e as estimativas de abundância relativa para cada transcrição.

Em alguns casos, eu tinha na saída algumas transcrições que tinham NumReads = 0,000000 . Isso significa que devo descartá-los da lista de transcrições obtidas nessa amostra? Como essas transcrições acabam no arquivo de saída em primeiro lugar, já que não têm suporte de leitura e a quantificação foi feita usando as próprias leituras?

Um responda:
Devon Ryan
2018-03-12 19:06:42 UTC
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Todas as transcrições devem sempre ser retornadas na saída, haja ou não evidências que apóiem ​​sua expressão. Isso é por uma questão de simples conveniência, já que normalmente se estaria mesclando esses valores entre as amostras em uma matriz. Valores ausentes tenderão a se tornar NA ou causar um erro, quando o que seria apropriado seria ter valores de 0. Isso também facilita cálculos como "qual é o número médio de leituras por transcrição? " ou "qual porcentagem de transcrições tem uma contagem de leituras esperada de pelo menos X".

Ok, obrigado. Somente as transcrições com suporte de leitura devem ser consideradas como 'expressas', certo? E quanto ao valor de suporte de leitura entre 0 e 1? Devo considerá-los presentes ou não?
Normalmente, alguém usaria algo como zFPKM para chegar a algum limite "expresso". Observe que valores acima de 1 não significam necessariamente que exista uma única leitura atribuível exclusivamente a uma determinada transcrição.


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