Questão:
Conversor entre PDB ou mmCIF e MMTF
marcin
2017-06-13 18:29:05 UTC
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Eu gostaria de testar MMTF, um novo formato para armazenar estruturas biomoleculares que é promovido pelo RCSB como uma alternativa mais compacta para mmCIF e PDB.

De MMTF FAQ:

  • Como faço para converter um arquivo PDBx / mmCIF em um arquivo MMTF?

    A biblioteca BioJava contém métodos para ler e gravar arquivos PDBx / mmCIF e arquivos MMTF.

Posso fazer essa conversão, idealmente a partir da linha de comando, mas sem escrever meu próprio programa Java ?

Quatro respostas:
Rosalind Was Robbed
2017-06-15 03:42:30 UTC
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Eu escrevi um script muito rápido e sujo para lidar com a conversão entre tipos de arquivo usando BioJava.

https://github.com/eedlund/Utils/tree/master/BioUtils

Baixe o arquivo jar aqui

Para executar: java -jar BioUtils.jar $ FILE $ TYPE

onde \ $ FILE é um arquivo PDB ou mmCIF que você gostaria de converter e \ $ TYPE é o formato do arquivo de saída [PDB, CIF, MMTF].

Isso leva em consideração os conjuntos biológicos ou simplesmente converte, por exemplo, MMTF para um PDB da unidade assimétrica?
Marcin Magnus
2017-06-13 23:55:37 UTC
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Você olhou para https://github.com/rcsb/mmtf-python

"A implementação python da API MMTF, decodificador e codificador."

mas como usá-lo para converter entre MMTF e outra coisa?
Também há um codificador / decodificador C ++ disponível aqui: https://github.com/rcsb/mmtf-cpp
James
2019-11-27 18:46:55 UTC
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Este script python usa Biopython e faz um bom trabalho mesmo em estruturas grandes. Por exemplo:

python cif2pdb.py 4ckh-assembly-1.cif 4ckh-assembly-1.pdb

Isso gera a estrutura abaixo.

A large protein structure

A pergunta era sobre a conversão de / para MMTF. Para PDB <-> mmCIF, existem muitas ferramentas para listar todas. Por exemplo, estou mantendo [gemmi] (https://github.com/project-gemmi/gemmi), que deve ser pelo menos uma ordem de magnitude [mais rápido] (https://github.com/project-gemmi/ mmcif-benchmark) do que BioPython e também converte mais campos (mas estou obviamente tendencioso).
@marcin Obrigado pelo aviso. Como esta provavelmente é uma conversão mais comum, abri uma nova [questão] (https://bioinformatics.stackexchange.com/questions/10896/how-to-quickly-and-robustly-convert-between-mmcif-and -pdb).
jgreener
2020-03-31 16:31:49 UTC
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Você pode fazer isso com BioStructures.jl em Julia. Todas as 6 transformações entre PDB / mmCIF / MMTF são possíveis.

Por exemplo, PDB para MMTF: 

  using BioStructuresstruc = read (in_filepath, PDB) Writeemmtf (out_filepath, struc)

mmCIF para MMTF: 

  using BioStructuresstruc = read (in_filepath, MMCIF) Writeemmtf (out_filepath, struc)


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