Questão:
Como remover todos os grupos de leitura BAM de todas as leituras (não apenas o cabeçalho)?
EB2127
2017-12-23 17:43:28 UTC
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Tenho problemas com um dos meus BAMs --- parece ter grupos de leitura inválidos.

Normalmente, quando tenho esse problema, removo todos os grupos de leitura do cabeçalho BAM da seguinte forma: 

  samtools view -H your.bam | grep -v "^ @ RG" | samtools reheader - original.bam > new.bam

e então eu executaria AddOrReplaceReadGroups de Picard:

http: / /broadinstitute.github.io/picard/command-line-overview.html#AddOrReplaceReadGroups

Eu tentei isso e ainda deve haver leituras com um grupo de leitura nas tags opcionais RG: Z: .

Como faço para remover definitivamente todos os grupos de leitura de um BAM, incluindo todas as leituras?

Um responda:
Devon Ryan
2017-12-23 20:00:33 UTC
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Você pode ter que remover manualmente essas tags auxiliares: 

  samtools view -h your.bam | grep -v "^ @ RG" | sed "s / \ tRG: Z: [^ \ t] * //" | samtools view -bo your_fixed.bam -

O bit sed está procurando pela aux tag e removendo tudo até a próxima guia.



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