bedeabc
2017-08-03 14:29:04 UTC
O pacote MUMmer é capaz de calcular estatísticas de cobertura de sequência de referência para todas as sequências de consulta coletivamente? Seria possível conseguir analisando a saída de nucmer / show-coords / show-tiling , mas parece que deveria haver um melhor maneira. Atualmente faço isso usando um mapeador de leitura sensível, profundidade de samtools e alguns scripts.
Para esclarecer, gostaria de saber a cobertura de referência alcançada usando todas as sequências de consulta ( ou seja, todo o conjunto de novo , no meu caso).
O QUAST funcionaria em seus dados? Ele executa o MUMmer e relata cobertura.
Boa sugestão @user172818. Eu vou investigar.