Questão:
Qual é a escala para metagênios HOMER?
bioinform_noob
2017-06-07 08:39:26 UTC
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Estou tentando usar o HOMER para fazer um perfil de metagene sobre corpos de genes usando um arquivo de gráfico que gerei. O problema é que sempre que faço isso, fico com uma escala muito estranha no eixo y. Devo obter valores médios em todo o corpo do gene da ordem de 5 a 10, mas, em vez disso, estou obtendo valores da ordem de 0,03 a 0,05 ou menos. O estranho é que, quando não uso o script metagene ou quando não uso o histograma com -size fornecido, obtenho valores perfeitamente normais - mas não é isso que desejo, infelizmente, para o perfil do metagene.

O que estou perdendo?

Um responda:
bioinform_noob
2017-06-07 11:15:01 UTC
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Descobri! Para qualquer um que encontre esse segmento no futuro e esteja se perguntando o que está acontecendo: o HOMER, ao usar a opção -size fornecida, normaliza o eixo y para o número de pares de base nos intervalos - neste caso, o comprimento do corpo do gene. Para obter os valores "brutos", como eu queria, você precisa multiplicar pelo comprimento do corpo do gene para "desfazer" a normalização.



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