Questão:
Desenvolvimento do pacote R: Como instalar automaticamente os pacotes Bioconductor na instalação do pacote?
ShanZhengYang
2018-01-22 23:01:06 UTC
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Eu tenho um pacote R no github que usa várias dependências de Biocondutor, 'myPackage'

Se eu incluir pacotes CRAN na DESCRIÇÃO via Depends: , os pacotes serão instalados automaticamente na instalação via devtools, ou seja, 

devtools::install_github('repoName/myPackage')

Isso é discutido na Seção 1.1.3 Dependências de pacote, em Escrevendo extensões R

Existe uma maneira de agilizar isso de forma que os pacotes do Bioconductor também sejam instalados automaticamente?

Normalmente, os usuários instalam os pacotes do Bioconductor através do BiocLite , por exemplo 

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("edgeR")
Observe que a partir do Bioconductor versão 3.8 em diante, os pacotes do biocondutor são instalados com `BiocManager :: install ()` que pode ser instalado a partir do CRAN
Dois respostas:
Konrad Rudolph
2018-01-23 19:57:18 UTC
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Como sugerido, aqui está um exemplo que mostra as linhas relevantes de um arquivo DESCRIPTION de um projeto hospedado CRAN / GitHub que tem dependências de Biocondutor ( truncado): 

  Depende: R (> = 3.3.0) biocViews: Importações: métodos, snpStats, dplyr

O bit relevante é o vazio biocViews: declaração, que permite que a dependência Bioconductor {snpStats} seja instalada automaticamente.

Devon Ryan
2018-01-23 01:04:54 UTC
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Há um truque para isso, em que é necessário adicionar biocViews: à descrição do pacote. Essa é a única solução que já vi para permitir a instalação automática de dependências de biocondutor. Se você precisar de alguns exemplos, clique no link que postei e role para baixo para obter solicitações que fazem referência a esse problema. Geralmente, eles incluem o exemplo real.

Não encontrei os exemplos nas solicitações pull que você mencionou. No entanto, eu procurei no espelho do github no CRAN. Existem arquivos DESCRIPTION com uma linha `biocViews:` solitária antes de `Depends:`. Outros incluem tags, como `biocViews: Infrastructure, RNA`
Talvez devêssemos postar um exemplo de DESCRIÇÃO para que fique * absolutamente * claro para os futuros biohackers como isso é feito ... essa notícia precisa se espalhar!
Você não precisa de nada depois de `biocViews:`, isso por si só é suficiente (veja `? Devtools :: package_deps`).


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