Sergio Arredondo
2017-08-03 13:54:49 UTC
Quero incorporar o alinhamento de múltiplas sequências em nosso aplicativo Shiny, ou seja, permitir a possibilidade de selecionar diferentes sequências de nucleotídeos e fazer um alinhamento de múltiplas sequências em tempo real. O usuário definiria como entrada nt diferente. sequências e, em seguida, uma árvore aparecerá no aplicativo. Você acha que isso é viável?
Quaisquer recomendações e comentários são muito apreciados :)
O que você quer dizer com “árvore”? Árvores realmente não fazem sentido para alinhamentos de pares.
Eu concordo com Konrad Rudolph, árvores não fazem sentido com alinhamentos de pares. No entanto, há uma função pairwiseAlignment no pacote Biostring, a função writePairwiseAlignments pode mostrar o alinhamento.
Eu misturei os termos aqui, quis dizer alinhamento de múltiplas sequências não em pares. Eu editei a pergunta, desculpe por isso!
@b.nota Alinhamentos em pares podem ser usados para calcular distâncias, e uma árvore pode ser feita a partir da matriz de distância.
@bli Sim, mas faz sentido?
@b.nota Acho que, em teoria, um alinhamento múltiplo é mais apto a capturar homologias relevantes. Portanto, se a árvore deve representar a filogenia das sequências, o alinhamento múltiplo é teoricamente melhor. Dito isso, pode haver razões práticas pelas quais seria necessário trabalhar com distâncias de pares.
@bli, ok, obrigado por seus pensamentos. Eu ainda concordo, entretanto, com Konrad que árvores para alinhamentos de pares realmente não fazem sentido.
@SergioArredondo, como a questão está fechada, não posso fornecer uma resposta, mas uma questão mais recente relevante fornece um MWE que mostra um esboço para as situações onde os nucleotídeos são armazenados em um formato msf, mas que pode ser alterado de acordo com outros formatos podem ser especificados ` https: // bioinformatics.stackexchange.com / a / 14160 / 9311` (e o tempo real é complicado, pois alguns dos conjuntos de dados podem ser grandes)