O que é uma boa ontologia para nomes de medicamentos?

Algy Taylor

2017-11-17 17:36:10 UTC

view on stackexchange narkive permalink

Eu tenho ...

Um banco de dados com fenótipos de pacientes em, armazenados como termos HPO
Dados genéticos em qualquer formato que eu preciso

Eu quero ...

Armazenar nomes de medicamentos de uma forma que não torne minha vida difícil
Se for possível, torná-los para que você poderia estabelecer ligações entre os termos HPO, medicamentos, alterações genéticas e resultados. Observe que não estou tentando fazer isso ativamente, mas não quero excluir a possibilidade de fazer isso no futuro

O ideal seria como aqueles nomes de drogas em algum tipo de ontologia, e ainda mais idealmente uma ontologia que está disponível em http://bioportal.bioontology.org

Então - qual é a melhor ontologia de drogas para usar neste caso?

Atualizar

Que relações esta ontologia de drogas descreveria? Semelhança estrutural dos compostos? Vias afetadas? Como eles estariam ligados? Você quer todos os medicamentos que podem causar o mesmo efeito colateral vinculados, por exemplo? Ou todos os medicamentos que podem ser usados para a mesma doença? Drogas por doença seriam as mais úteis. A informação mais útil seria algo como

Atenolol
- Atenolol 25mg
- Atenolol 50mg
- Atenolol 100mg
Propanolol
- Propanolol 10mg
- Propanolol 40mg
- Propanolol 80mg
- ...

Em suma, ser capaz de obter uma lista de dosagens de um determinado medicamento. Seria extremamente útil se eu também pudesse recuperar um conjunto de medicamentos para uma determinada condição, portanto, no exemplo acima, recuperar uma lista de betabloqueadores (Atenolol, Metoprolol, Nebivolol, ...)

Você já olhou para alguma das várias ontologias de drogas listadas em bioportal.bioontology.org? Quais você descartou, por isso não sugerimos os mesmos? O que eles estavam faltando que você precisava?

MDDB não parece estar estruturado como acima
Da mesma forma, a ontologia de drogas
RxNorm parece ser o melhor disponível que já vi

Que relações essa ontologia de drogas descreveria? Semelhança estrutural dos compostos? Vias afetadas? Como eles estariam ligados? Você quer todos os medicamentos que podem causar o mesmo efeito colateral vinculados, por exemplo? Ou todos os medicamentos que podem ser usados para a mesma doença? Você já olhou para alguma das várias ontologias de drogas listadas em http://bioportal.bioontology.org? Quais você descartou, por isso não sugerimos os mesmos? O que estavam faltando que você precisa?

@terdon - adicionou mais algumas informações à pergunta, espero que isso responda às suas perguntas. Peço desculpa pela ligeira imprecisão em algumas das minhas respostas, a razão é puramente porque não sei - para mim é * quase * apenas um concurso de popularidade para saber qual é o melhor para mim!

O fato é que não fazemos perguntas tão amplas na rede Stack Exchange. Há até mesmo um motivo específico para eles ("amplo demais"), portanto, este não é o lugar certo para solicitar uma discussão geral dos prós e contras. Podemos ajudá-lo em um caso * específico *, mas não em "o que é melhor", que é apenas uma questão de preferência e dependerá do que você deseja fazer. O que é melhor para você pode não ser o melhor para mim. Portanto, torne-o o mais específico possível.

@terdon - mudou o texto, está melhor? :)