Deffiz
2017-06-05 21:51:28 UTC
É possível desenhar, por exemplo Elipses de confiança de 95% em torno de amostras do mesmo grupo nos resultados da função plotMDS em edgeR? Se sim, como?
A que corresponde a confiança de 95%? O MDS não fornece intervalos de confiança diretamente.
Isso depende se você tem ou não uma visão frequentista ou bayesiana sobre os intervalos de confiança. Eu esperaria (a partir de uma interpretação bayesiana) que as elipses de confiança em um gráfico 2D contivessem 95% dos pontos que seriam esperados em um determinado grupo de amostra.
@gringer Hmm. Para uma configuração experimental típica em NGS, um grupo de amostra contém <10 pontos. Frequentemente <5. Portanto, há * muita * incerteza sobre a colocação das elipses com base nisso. ;-)
Eu concordo com o que disse @KonradRudolph. Se o seu grupo tiver menos <10 ou <5, nesse caso o critério de elipse pode nem ser verdadeiro ou eu não acreditaria nele. Em primeiro lugar, o MDSplot pode não ser necessário também para fazer a elipse de 95%. Este link explica muito bem seu uso. Estou apenas pensando que algumas vezes superestimamos ou superestimamos certas medidas estatísticas que, na primeira escolha, podem não ser necessárias. Você ainda quer fazer isso? https://stats.stackexchange.com/questions/217374/real-meaning-of-confidence-ellipse.
A questão assume que a posição em um gráfico MDS é um parâmetro populacional para uma população da qual cada uma das amostras no grupo é retirada. Ele assume que cada amostra é uma estimativa pontual da população desse grupo. Sob esta interpretação, uma elipse de confiança é uma coisa válida. No entanto, não tenho certeza se a posição em um gráfico MDS pode ser chamada de parâmetro populacional devido à natureza de como um gráfico MDS é construído (especificamente, a posição de cada amostra não é independente da posição das outras). Mas talvez exista algum parâmetro adequado?