Sarah Carl
2017-05-18 13:05:10 UTC
Quais são as melhores ferramentas para projetar gRNAs de uma forma de alto rendimento para uma tela CRISPR, por ex. alvejar todos os genes codificadores de proteínas em um genoma? Eu gostaria de levar em consideração possíveis efeitos fora do alvo, bem como permitir flexibilidade na sequência PAM, para ter a possibilidade de usar PAMs não canônicos.
Estou ciente de CRISPRseek, mas temo que seja bem lento para executar uma pesquisa em escala de genoma.
Não tenho experiência suficiente com o CRISPR para dar uma resposta útil. Eu tenho uma observação embora. Você diz que tem medo de que CRISPRseek * possa * ser muito lento para uma pesquisa em escala de genoma. Você realmente tentou? Parece que esse problema deve ser bem paralelizado. Provavelmente, você poderia executar um gene por vez, executando tantos em paralelo quanto seus recursos permitirem.