No momento, estou criando um pacote R e meus scripts exigem que, antes de qualquer análise, sejam carregados 1-2 arquivos de cama. Normalmente, eu executaria os scripts com o seguinte:
library (data.table) session_bed = read.table ("/ path / name / to / bedfile.bed") e, em seguida, consulte session_bed ao longo da análise.
No entanto, para liberar isso como um pacote R, acredito que esses arquivos devem ser baixados no momento da instalação do pacote.
(1) Normalmente, como os arquivos cama são distribuídos em pacotes R? Estes são compactados com gzip? Onde eles são colocados?
De acordo com http://r-pkgs.had.co.nz/data.html, todos os arquivos .bed devem ser inst / extdata Eu acho. No entanto, não está claro para mim como "vincular" a esses dados dentro do pacote R.
Como outros pacotes lidaram com isso? (Existe um limite de tamanho?)
(2) Neste caso, a função de carregamento do arquivo de cama deve ser executada sobre o carregamento da biblioteca R, library (package_name) ? Existe opção mais apropriada?